El 1 de noviembre de 1996, en la inauguración del Museo, la familia de Eduardo Minnicelli, donó una de sus obras y con ello se inició la Colección MAEM; de allí en más, las distintas gestiones procuraron acrecentarla, atendiendo a sus objetivos fundacionales.

La colección fue creciendo fundamentalmente a partir de las donaciones de los artistas expositores, de aquellos que habiendo visitado el Museo se interesaron en formar parte y de los artistas provinciales que siempre acompañaron; en este sentido, el acervo resulta representativo de la memoria de las artes visuales en Santa Cruz. 

Asimismo distintas instituciones y acciones favorecieron el ingreso de obras: el Banco Provincia de Santa Cruz, la Academia Nacional de Bellas Artes, y los proyectos emprendidos como las “Jornadas Provinciales de Grabado”, “Juegos y Juguetes”, “La Patria y sus Símbolos” y “Universos Situados”. 

Como criterio se consideró que las obras fueran representativas de la diversidad y se atendieron las limitaciones edilicias del Museo: se promovió la donación de obras en papel que pudieran ser albergadas en planera, como así también, pinturas y objetos de pequeño o mediano formato a los efectos de poder garantizar las condiciones necesarias para la conservación de bienes patrimoniales.

En 2015, en el XIX Aniversario del MAEM, se presenta ante la comunidad el proyecto “Abrir el candado: la colección MAEM sube a la web”, que promueve enriquecer el vínculo con los diversos públicos, fortalecer la dimensión digital del Museo acorde a las demandas contemporáneas y otorgar mayor visibilidad y accesibilidad a esta colección pública única en la provincia.